我如果申请劳动仲裁获胜概率大不大 2009年6月8日晚向老总请假五天，即自2009年6月9号起请假回临沂老家，但在家里因手机丢失还有处理助学贷款的还款事宜未能够即时向公司请假。2009年6月21日回青岛，6月22日开始上班，公司以本人旷工为由，开始停缴本人6月份的保险，并在发放六月份的工资时，以每天40元的旷工费用在工资中扣除。之后，公司说要为本人补缴保险但到9月份底也没有补上，期间说要从老家调取本人的档案后方可补缴，公司曾把调档函交与本人，让本人回家调档，本人因业务忙而且调档函期限是25天就没有很快回家调档，于是公司将调档函索回自己办理。十一放假期间，本人要求请假回家调函，公司未准许，本人遂正式回单位上班。
十一回单位后，感觉本人身体和能力不能够胜任工作，遂想辞职。老总说，可以把我调到药房工作，而且还带本人去医院检查。在初诊时，医生说我的病情好像不是太严重，老总遂以业务员缺少为由，不予本人调至药房工作。本人因觉得医生的科室不对，就没有去做检查，于是决定如果不能够进药房就辞职。老总对此很气奋，要派人去本人老家调取档案并声称要强制压在公司不给本人。本人去有关部门咨询后获知，可以告知当地的人事局，未经本人允许不可以私自调函，于是告知了当地的人事局。当地人事局为了保护本人的利益，在公司人过去调档时告知其要凭调档函和报到证方可取走，于是次日公司又派人带本人报到证前去调档，当地的人事局为了保护本人利益，将本人的档案直接发于青岛市人才交流中心。
本人在青岛市人才交流中心获知，如若离职，公司和本人可以协商，双方都均能可以办理户口和档案的转移。本人在档案到青后告知单位并试图与老总协商谁去办理，但老总以本人不能够代表公司为由，否决本人办理，但也未即时给予办理。
去年年底，在与公司签订劳动合同时，公司以办理档案和户口代理为由，让本人将毕业证报到证和学位证交到公司，以后没有退还给本人。
并且在发放九月份工资时，未给本人发放。
2008年与公司签订就业协议，在就业协议的附加事项中写着：本人同意与用人单位签订两年以上劳动合同并不得更改期限，如果在用人单位工作期限不满两年视为违约，同意向用人单位支付违约金三千元，并承担由本人违约所造成的一切相关费用。现在公司要我交违约金，并要我交一些户口和档案的代理费，这样合理吗？如果我走劳动仲裁，我占上风吗？我该怎么办？

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看法律证据，不能一概而论。