人情案、关系案 尊敬的律师，您好：
我有一个朋友经历了如下的不公平待遇，由于我们对相关法律不甚了解，望您予以帮助。
他原是一个公司的法人代表，由于其合伙人挪用公款，其所在区公安局对其进行了传唤，具体情况如下：
    2005年9月20日，公安局两名干警第一次将他传唤到分局，要让他说明一笔350万款项为何打入他帐户，在讲清事实后，当晚将他释放。
    2006年5月28日，当他在外地处理业务是，又是上次那两名干警将他扣留，当日羁押在当地看守所内。后于5月31日上午，押他返回其公司所在地看守所，刑事拘留。还是审讯关于350万款项的问题。他回答：在2005年9月20日已将事实澄清，并且有银行对账单和资金走向为证，此事与他无关。
    2006年7月5日，所在地检察院未对其进行批捕。当日，区公安局将他押到市内一地点监视居住。期间还是审讯350万款项问题。2007年元月1日，让他取保候审。
    2007年12月5日，他接到了区检察院不起诉他的决定书。同时也接到了区公安局的解除取保候审的通知书。

在整个事件过程中他们所采用的恶劣手段，如下：
    1、2005年中旬，他去北京办事时，住在宾馆，被北京公安局以网上通缉犯为名将其扣押。在与他公司所在地分局核实后，于转日将他释放。
    
    2、在监视居住期间，因他胆结石多次复发，直至疼痛难忍才不得已将他送往医院。到医院不足五公里的路程，那两名干警就让他报销汽油费和他们的晚餐费共计200元。
    3、2008年6月，他到所在地入境管理局办理个人护照，警官说他的案件网上仍有登记，还没了解。在他的要求下，当场与分局的一名相关干警联系，才解除他的网上通缉。
    4、2006年12月31日上午9时，在监居所，那两名干警强迫他担负监视居住期间的一切费用，他坚决拒绝。两名干警则非常恼火，连哄带诈，强迫他交了5000元钱，并于中午12：00后离开。当时他被气的左肢麻木、头晕。当晚病情加重失去知觉，被看管人员发现送往环湖医院，诊断为脑出血，经过1个多月的抢救才保住性命。监居所的看管人员可以作证。给他原本健康的身体造成严重的后果。
    5、当年他39岁，在整个过程中，被折磨了两年零10个月，导致目前因严重疾病无法料理任何事情，生不如死。失去了工作能力和劳动能力。公司也因无力经营而倒闭。他如何养活依靠他的父母和妻儿？

很清楚的350万的案件，经调查，在已经证明他清白后，为什么从2005年8月至2008年6月还抓住他不放，造成他后半生残废，无经济收入。

我们想咨询的是：在整个过程中（1）为什么在讲清事实后还要我他进行扣留和监视，这么做合法么？（2）在采用多种手段调查后，仅仅以一纸不起诉的决定书，就能够算是对当事人的交代了么？（3）给他原本健康的身体造成严重的后果。区公安局应该担负什么样的责任？（4）整个过程及结构，给他家庭生活带来的经济困难又能上哪里去讲理呢？

尊敬的律师，谢谢您，谢谢您在百忙之中帮助我们分析我们的案情，谢谢您对我们的指点。

你能否将不起诉意见书内容给我讲一下吗，然后在商讨其他问题。