请问女方的权益要怎样才能得到保护？ 请问一下，如果夫妻之间双方已经独立生活，包含经济，但是还在一套房子中居住但不同屋，女方在没有去民政局的情况下，男方将离婚协议书拿去离了婚，但回来后没有将离婚证交给女方，并且没有履行条约中的任何一项，男方对女方不闻不问 ，并且还好像有第三者，但没有证据，现在女方想彻底分开，而男方却不做任何表示，如果这样，女方要怎么做才能维护自己的权利？并且获得赔偿……

可依法向人民法院起诉！

在女方没有去民政局的情况下，民政局不会办理离婚手续。女方可亲自到民政局查询离婚情况。
女方可以起诉要求离婚，要求分割财产，有第三者证据的，可以要求赔偿。

你所说的情况很令人费解，男方单方到民政局办理离婚，是无权、也根本不可能办理得到离婚证书的。如真有你说的这种情况，你完全有权要求民政局立即纠正这种违法行为，如拒不纠正，你有权向法院提起行政诉讼