5.土地四至界限已在协议上注明，乙方只能在该屋地范围内使用，不得跨越界线 5.土地四至界限已在协议上注明，乙方只能在该屋地范围内使用，不得跨越界线，否则，所发生的纠纷由乙方全部负责，与甲方无关。
6.违约责任：甲乙双方必须共同遵守该合同条款，双方不得违约。若甲方违约，非法干预乙方对该宗土地的使用权，擅自变更和改变合同，给乙方造成损失的，则处罚甲方违约金按本合同转让费用加乙方后续投入资金之和的100倍赔偿给乙方;如乙方违约，则资金不退还，外加处罚本金100倍的违约金赔偿给甲方。
签订的农村土地转让合同这样，但乙方在建房使用时超出了界限，这样只是说明纠纷跟甲方无关吗？会不会造成违约要赔偿甲方？

这是可以按照合同的约定来履行义务的

把合同发给律师看看

可以将合同发给律师审查一下的。