抵押权在先，租赁合同在后。出租人破产，承租人该如何？ 公司租的厂房，现在面临拍卖。抵押合同先于租赁合同。根据？《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国担保法〉若干问题的解释》规定：“抵押人将已出租的财产抵押的，抵押权实现后，租赁合同在有效期内对抵押物的受让人继续有效。”，“抵押人将已抵押的财产出租的，抵押权实现后，租赁合同对受让人不具有约束力;抵押人将已抵押的财产出租时，如果抵押人未书面告知承租人该财产已抵押的，抵押人对出租抵押物造成承租人的损失承担赔偿责任;如果抵押人已书面告知承租人该财产已抵押的，抵押权实现造成承租人的损失，由承租人自己承担。”另外，根据《物权法》第一百九十条也做了同样的规定，即订立抵押合同前抵押财产已出租的，原租赁关系不受该抵押权的影响;抵押权设立后抵押财产出租的，该租赁关系不得对抗已登记的抵押权。
        厂房就要拍卖了，   如果根据“先抵押后租赁不适用于“买卖不破租赁”，那租赁合同在拍卖中还有效吗？还受法律保护吗？如果不受保护，那对于承租人的损失，承租人是否能请求房东赔偿？（当时房东提供的房产证上已经有抵押权）如果可以请求房东赔偿，什么时候可以提出请求？

可以向房东提出赔偿要求。

抵押权实现后你公司可以采取行动，但从你说的情况看你公司当时也知道该房已被抵押，你的案例还需研讨。

个人认为对抵押权人无效对房东有效

租赁合同是有效的。